Ainsi, les Missions de la DMSOI s’expriment à travers 3 axes :

Celui des politiques de la Mer
par la collaboration avec les services de l’État et les autres acteurs du secteur maritime dans la gestion et la protection du patrimoine maritime et littoral (Réserve Naturelle Marine de La Réunion, IFREMER, DEAL, etc…).
Celui du développement durable des activités maritimes
par la régularisation et la réglementation des activités maritimes (navigation, pêche, cultures marines, loisirs nautiques) dans le respect de l’environnement et de l’équilibre des usages. le contrôle du respect de la réglementation en matière de pêche, environnement et sécurité maritime, la mise en œuvre des politiques nationales et communautaires de soutien (notamment financier aux secteurs de la pêche et de l’aquaculture), la gestion administrative des marins, des navires professionnels et des navires de plaisance, la promotion et l’encadrement de la formation professionnelle maritime via les établissements scolaires de son ressort.
Celui de la sécurité maritime et de la prévention des risques
par la coordination et la direction des missions de sauvetage.
par la surveillance de la navigation maritime (contrôle du respect de la réglementation en matière de sécurité des navires, de leurs équipements et de l’équipage, mission d’évaluation après évènements de mer ou accidents, suivi du trafic maritime, balisage), par la diffusion des renseignements maritimes et des alertes sûreté, par la collecte des informations dans le cadre de la lutte contre les pollutions en mer, par l’animation des missions de prévention des risques professionnels maritimes.